一、技术原理
circRNA-seq是一种针对环状RNA(circRNA)的高通量测序技术。circRNA是一类特殊的非编码RNA分子,它们具有闭合的环状结构,不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴,因此比线性RNA更为稳定。
二、实验流程
Step1:RNA提取与纯化
Step2:去除rRNA
Step3:线性RNA消化
Step4:cDNA合成
Step5:cDNA库构建
Step6:高通量测序
Step7:数据分析
三、技术总结
保证样品的纯度和完整性,避免降解和污染;
考虑实验的重复次数、对照组的设置、样本的选择和处理等因素;
需要选择合适的测序深度;
由于样品之间可能存在测序深度的差异,需要进行数据标准化处理,以便比较不同样本的基因表达水平;
选择合适的分析流程和参数对于获得准确的结果至关重要,避免过度解释或错误解释数据。
四、样本要如何准备?
血液样本:样品需使用EDTA抗凝,体积≥10 mL,干冰运输;
组织样本:动物组织量≥100 mg,植物组织量≥500 mg,干冰运输;
细胞样本:细胞数1×10^7个,可以是细胞液或细胞沉淀,干冰运输。
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