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LncRNA-seq
【简介】
LncRNA-seq(长链非编码RNA测序)是一种专门针对长链非编码RNA(long noncoding RNA,简称lncRNA)的高通量测序技术。lncRNA是一类长度大于200个核苷酸的非编码RNA,它们在细胞中扮演着重要的调控角色,如染色质修饰、基因沉默、转录激活等。
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一、技术原理

    LncRNA-seq的原理与mRNA-seq类似,主要包括RNA的提取与纯化、RNA片段化、逆转录成cDNA、cDNA库构建、高通量测序和数据分析等步骤。不过,LncRNA-seq特别关注于lncRNA的捕获和分析,通常采用去除rRNA的方法进行建库,以富集lncRNA并排除其他类型的RNA,如mRNA和rRNA。

二、实验流程

Step1:RNA提取与纯化

Step2:去除rRNA

Step3:RNA片段化

Step4:cDNA合成

Step5:cDNA库构建

Step6:高通量测序

Step7:数据分析

三、技术总结

保证样品的纯度和完整性,避免降解和污染;

考虑实验的重复次数、对照组的设置、样本的选择和处理等因素;

需要选择合适的测序深度;

由于样品之间可能存在测序深度的差异,需要进行数据标准化处理,以便比较不同样本的基因表达水平;

选择合适的分析流程和参数对于获得准确的结果至关重要,避免过度解释或错误解释数据。

四、样本要如何准备?

血液样本:样品需使用EDTA抗凝,体积≥10 mL,干冰运输;

组织样本:动物组织量≥100 mg,植物组织量≥500 mg,干冰运输;

细胞样本:细胞数1×10^7个,可以是细胞液或细胞沉淀,干冰运输。

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R 样本结果数据包

R 数据统计分析

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